La Farinera s’aixeca sobre l’antic molí del Mig, un dels tres molins fariners que hi havia a la vila medieval de Castelló d’Empúries. El seu aspecte actual - notable edifici de tres plantes- i la maquinària que alberga són el resultat del procés d’industrialització, que a finals del s. XIX va suposar la transformació tècnica i constructora de l'antic molí, esdevenint una fàbrica que va renovar una part de la maquinària l’any 1947.
La mostra permanent incorpora tota una sèrie de suports a la visita —maquetes, audiovisuals, mostres, entre d’altres— que permeten conèixer d'una manera amena i experimental els diversos continguts del museu.